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員工高薪低報類型案件多半發生於雇主意圖不實為員工投保勞、健保所致，常見於發生勞資糾紛後，部分員工勇於向國稅局揭發雇主不法行為，雖然該類案件雖涉嫌薪資扣繳不實，但並非屬公司行號逃漏營利事業所得稅行為。

北區國稅局進一步說明，公司行號付給員工的薪資屬於「費用」的一種，亦即員工的薪資實為公司「所得」的減項，申報的薪資費用越多所需報繳的營利事業所得稅越少。實務上曾發生高薪低報的檢舉案件，公司因扣繳不實遭罰，但檢舉人未就實際所得申報個人綜合所得稅亦遭補稅處分。該局表示，無論檢舉人檢舉動機為何，檢舉逃漏稅案件仍必須依據實情公正辦理。